Valentino Rossi, gairebé sense comptar-hi, va aconseguir la posició preferent a Motegi, davant de Marc Márquez i Jorge Lorenzo. Tot li va sortir bé, des d'una frenada impressionant en el delicat revolt 11 fins al fet d'aconseguir la volta ràpida amb la referència de Maverick Viñales –un cop més– i un parell de circumstàncies més, la caiguda de Jorge Lorenzo en el primer entrenament del dia i un parell d'errades de Marc Márquez en la tanda d'intents definitius, amb el segon joc de gomes.

Motegi està sent especialment dur amb les caigudes. La de Lorenzo va tenir similituds amb la de Pedrosa divendres i va acabar amb el mallorquí escopit violentament de la moto. També, com en el cas del català, en una volta d'escalfament, quan provava el compost tou pocs minuts abans del final de la sessió. El van evacuar en helicòpter a un hospital, però, a banda de dolors, no li van trobar cap lesió, i va disputar la qualificació adolorit.

Marc Márquez va perdre els dos intents de millora en entrar llarg al revolt 11 –rodava rere Rossi, que estava fent la volta de la pole– i en la volta posterior va fer el mateix en el revolt 5, però, en tot cas, la volta no podia ser la millor, perquè hi havia banderes grogues per una caiguda de Cal Crutchlow. Malgrat tot, l'anglès sortirà des de la segona fila, entre Andrea Dovizioso i Aleix Espargaró, millor Suzuki al davant de Maverick Viñales. El pilot de Roses, després de tres grans premis consecutius sortint de la primera fila, cau a la tercera i no sembla tenir prou ritme per lluitar amb els tres favorits.