Marc Márquez (Honda) va tornar a donar una gran lliçó de pilotatge als seus rivals en la classificació del GP de la República Txeca i va aconseguir la posició preferent amb dos segons i mig d’avantatge sobre el segon classificat. El cerverí va arriscar molt en els darrers cinc minuts de la Q2, ja que va sortir amb pneumàtics de sec quan la pista encara tenia moltes zones molles, només hi havia un petit carril sec, i a sobre va tornar a ploure quan estava fent les seves voltes ràpides.

Davant la incredulitat del seu propi equip, Marc Márquez va fer el millor temps de 2:04.165 en la primera volta, va millorar en més de dos segons el temps que el situava en la vuitena posició provisional i va superar per més d’un segon el francès Johann Zarco (KTM), que ocupava al primer lloc. Com que l’australià Jack Millor (Ducati) també anava ràpid amb pneumàtics de sec i va fer el segon millor registre (2:05.277), Marc Márquez va fer una segona volta al màxim. Tot i que encara plovia més, va millorar el seu temps amb un espectacular 2:02.753, i va superar per més de dos segon i mig Jack Miller. L’australià va buscar una segona volta ràpida per intentar situar-se primer però va caure, sense conseqüències.

Marc Márquez va aconseguir la posició preferent número 86 de la seva carrera esportiva, i la 58a de la categoria reina. D’aquesta manera va igualar el rècord absolut que tenia l’australià Mick Doohan en la màxima categoria.

Pol Espargaró (KTM) va fer uns grans entrenaments al circuit de Brno, va superar la Q1 i en la Q2 va aconseguir una meritòria cinquena posició amb 2:05.710. Àlex Rins (Suzuki) va ocupar la sisena plaça amb 2:06.172, mentre que Maverick Viñales (Yamaha) va ser novè (2:06.626). No van poder superar la Q1 Aleix Espargaró (Aprilia) que va fer 2:06.284 i Tito Rabat (Ducati) que va acabar amb 2:07.315.