L’excel·lent progressió del primer equip ha accentuat el desnivell amb els seus equips dependent –el Girona B– o filial, a partir d’acords amb altres clubs. Des que es va instal·lar a la Lliga de Futbol Professional, el Girona va provar de funcionar amb acords de filiació amb clubs com el Cassà i el Guíxols i va arribar a estar dues temporades sense cap referent entre el primer equip i el juvenil. El Girona B ha progressat sempre força avall, en categories regionals o com a màxim a tercera divisió. L’única experiència més amunt va ser arran de l’acord amb el Peralada, comprant una plaça a segona B l’estiu del 2017, coincidint amb l’ascens històric a primera. Un doble descens l’any següent va conduir a la marxa enrere. Des d’aleshores, l’únic referent per sota del primer equip –més enllà del juvenil– és el Girona B, que enllaçarà la cinquena temporada a tercera divisió.